C'est en 1980, dans la vallée de San Fernando à Los Angeles, que quatre jeunes lycéens décident de former leur propre groupe sous le nom de Bad Religion. Après plusieurs répétitions dans un garage, le groupe décide de se mêler à la scène punk, alors en pleine efervescence.

En 1981, Bad Religion décide enregistrer un EP, et pour se faire, Brett emprunte 1.500 dollars à son père afin de créer son propre label : Epitaph. A l'époque, le label n'était rien de plus qu'un logo et une boite postal. Cet EP éponyme plutôt terne et à la production médiocre donne naissance au fameux logo du groupe, la crossbuster. Brett avouera plus tard avoir choisit ce logo pour sa facilité de reproduction et sa capacité à emmerder ses parents.

En 1982, suite au petit succès du premier EP, la formation entre en studio afin d'enregistrer leur premier album, "How Could Hell Be Any Worse ?", qui sera terminé en sept jours après avoir dû trouver un remplaçant à Jay Ziskrout (batterie), prématurément partit du groupe. C'est donc Pete Finestone qui prend sa place. Ce premier album sera une réelle satisfaction pour le groupe puisque plus de 10.000 copies sont vendues en une seule année, ce qui est assez respectable vu l'absence de médiatisation.

1983 fut une année plutôt médiocre pour Bad Religion. Brett vient de s'acheter un synthétiseur qu'il fini par offrir à Greg qui lui écrit un album entier avec. Cet album s'intitule "Into The Unknown" et réalise un véritable flop à tel point qu'il est aujourd'hui impossible de se le procurer étant donné qu'aucune réédition n'a été réalisée. Les "fans" de Bad Religion considèrent ce virage comme étant trop commercial et décide de boycotter le groupe. Entre temps, Jay et Pete quittent le groupe, puis vient finalement le temps de la rupture. Greg rentre chez lui dans le Wisconsin afin de reprendre ses études en biologie (il obtiendra un maîtrise de géologie en 1990, puis poursuivra par un diplôme de biologie évolutive à l'université de Cornell).

En 1984, Greg Hetson, membre de Circle Jerks et qui avait contribué à la guitare des deux premiers enregistrements de Bad Religion, reprend contact avec Greg et le convainc de reformer le groupe. Bad Religion se reforme donc avec Greg Graffin au chant, Pete Finestone à la batterie, Tim Gallegos à la basse et Greg Hetson à la guitare (Brett s'occupe lui, de la production). C'est donc peu de temps après que sort l'album "Back To The Know" avec des chansons plus courtes, plus rapides et plus mélodiques.

Deux ans plus tard, en 1986, Brett et Jay décident de réintégrer Bad Religion. C'est durant cette même année 86 que Brett entreprend d'acheter son propre studio à Hollywood qu'il baptisera "Westbeach" (vous savez, le studio où tous les gros groupe vont ?).

En 1988, Bad Religion, qui alors allie alors la meilleur formation que le groupe ait jamais connue, offre à son public l'énorme "Suffer" composé de 15 tracks toutes plus incroyables les unes que les autres. Greg épouse Greta, rencontrée à l'université, cette même année. Un plus tard, en 1989, Bad Religion n'a rien perdu de son talent et en profite pour sortir un cinquième album, "No Control", qui réalisera un succès comparable à son prédécesseur en se vendant à plus de 50.000 exemplaires.

Nous sommes à l'apogée de Bad Religion en 1990, lorsque sort "Against The Grain", album considéré comme étant le meilleur pour les fans. Mais c'est également le dernier album avec Pete qui quitte le groupe et qui sera remplacé aussitôt par Bobby Shayer.

Durant l'année 91, l'activité de la formation se limitera à la sortie d'un album compilation intitulé "80-85" et qui regroupe la totalité des morceaux du groupe, mis à part ceux issus de "Destination Unknown".

L'arrivée de Bobby provoque chez le groupe un nouveau souffle de vie et il en résultera "Generator", sortit en 1992. Cet album se vend à 100.000 exemplaires.

En 1993, Bad Religion adopte une musique moins rapide qu'auparavant et sort un album intitulé "Recipate For Hate", dont le magnifique "American Jesus" est extrait.

Un ans plus tard, en 1994, Bad Religion quitte Epitaph pour signer chez le majour Atlantic. "Stranger Than Fiction" sortira cette même année et se vendra à plus de 800.000 copies à travers le monde entier. Le groupe est désormais populaire et des clips sont diffusés sur MTV. Mais comme dans chaque grosse formation, les tensions au sein de Bad Religion commencent à apparaître et Jay, qui ne supporte plus les excès de consommation de drogue de Brett, lui demande de quitter le groupe. Brett décide donc de se consacrer à plein temps dans sa maison de disques et produit des groupes tels que Offspring ou encore Nofx. Parallèlement, il créé un groupe nommé The Daredevils et enregistre un premier single intitulé "Hate You", spécialement dédié à son bassiste Jay.

Étant dans l'incapacité de composer, Bad Religion sort en 1995, une seconde compilation, "All Ages", qui réunit les chansons des dix premières année du groupe.

Afin de remplacer le talentueux Brett Gurewitz, Bad Religion fait appel à Brian Barker, héros du punk ayant déjà jouer pour Minor Threat et bien d'autres, en 1996. Cette même année le groupe en profite pour sorti un nouvel album du nom de "The Gray Race".

En 1997, Bad Religion sort son premier album live intitulé "Tested" comportant trois titres inédits.

En 1998, pour l'écriture de "No Substance", Greg Graffin décide de faire participer l'ensemble de la formation. Cette album, assez controversé, ne ressemble plus au travail antérieur. Malheureusement, le groupe ne s'arrête pas à cette échec puisque en 2000, Bad Religion remet ça avec l'album "The New America". L'année 2001 marque un nouveau départ pour Bad Religion et voit le retour de Brett ainsi que le départ de Atlantic pour Epitaph. Mais les retrouvailles sont gâchées par un événement plus qu'embêtant. En effet, Bobby, gêné par une blessure à l'épaule jamais guérie, est contraint de mettre un terme à sa carrière. C'est donc à Brooks Wackerman, jeune batteur talentueux de Suicidal Tendencies, que Bad Religion fait appel. Le groupe aligne désormais trois guitaristes, ce qui n’est quand même pas très courant.

En 2002, après des mois d'écriture intenses, Bad Religion revient dans les bacs avec un album intitulé "The Process Of Belief" et qui réussit à remettre tout le monde d'accord. Il s'en suivra une énorme tournée à travers le monde entier marquant ainsi le retour de Bad Religion auprès de son public, même si Brett ne participe pas au concerts, étant retenu par Epitaph.